냉난방, 습도조절, 환기, 정화를 위한 공조시설은 건강기능식품의 생산설비에서 중요한 부분이다. 양압이 요구되는 구역은 완제품이 최종적으로 공기에 노출되는 곳으로 액상의 주입라인이 대표적인 구역이다. 양압의 공기는 최종가공실설을 거쳐 원재료창고와 부재료창고, 원.부재료로 이동하게 된다. 분진이 발생되는 작업장의 경우 양압은 주변 방으로 분진을 비산 시키므로 주변 방을 음압으로 처리하여 이를 막아주어야 한다.

음압에서는 출입문, 창문, 벽의 균열부위 창문틈새, 배선용 배관구 등을 통하여 실외의 습기, 가스, 머지, 화학물질, 바이러스, 세균, 효모, 곰팡이, 꽃가루, 곤충 등을 가진 오염공기가 들어오게 되므로 댐퍼(damper)나 fan의 날개가 붙어 있는 것을 설치하는 것이 좋다.